El virus SARS-CoV-2 ha conseguido cambiar el mundo. Resulta difícil de creer que una secuencia de nucleótidos haya sido capaz de hacerlo. Ha provocado una pandemia global que a día de hoy, 5 de septiembre de 2021 tiene un total de 221 millones de casos confirmados y 4,5 millones de fallecidos.
Este artículo va a comentar los últimos hallazgos que sobre el origen de la pandemia provocada por el virus SARS-CoV-2 se han publicado recientemente en revistas científicas. Al ser una enfermedad tan compleja y con cientos de artículos científicos que salen cada día a los medios es una explicación a día de hoy, pero no quiere decir que mañana se descubra algo nuevo que cambie la versión de este artículo.
Se toma como partida este artículo publicado en la revista Biorxiv.org -> https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v2 con doi: https://doi.org/10.1101/2021.06.18.449051, escrito por Jesse D. Bloom del Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, Estados Unidos.
Un mercado de Wuhan
Todo comenzó en un mercado de Wuhan. O al menos esa es lo que se nos ha dicho muchas veces. Por ejemplo, wikipedia recoge que fue la zona cero de la propagación del virus .
Conocer el origen de la propagación del virus es crucial para descubrir la trazabilidad y llegar a saber quien fue el paciente cero que provocó toda la pandemia. Y sobre todo, cual fue el vector, el animal intermediario, que traspasó el virus al ser humano. Los primeros informes a finales de 2019 enfatizaban el papel de un mercado de pescado Huanan en la ciudad de Wuhan, que se le atribuyó el inicio de esta zoonosis (enfermedad animal que se transmite al hombre).
Sin embargo, esta teoría del origen del virus cada vez va perdiendo fuerza y se cree que más bien el mercado fue una víctima, pero no el origen de la pandemia. El virus ya existía antes de su aparición en ese mercado de pescado.
Antes del mercado
Un artículo en la revista Lancet describió un caso confirmado sin asociación con el mercado cuyos síntomas comenzaron el 1 de diciembre (Huang et al. 2020). El periódico de Hong Kong South China Morning Post describió nueve casos de noviembre de 2019, incluidos detalles sobre la edad y el sexo del paciente, y señaló que ninguno fue confirmado como “paciente cero”.
Varios profesores chinos indicaron detalles de posibles pacientes a mediados de noviembre y un caso sospechoso del 29 de septiembre de 2020. Sin embargo, ningún caso se ha confirmado, y el CDC de China ordenó no compartir este tipo de información sin aprobación por este organismo.
En 2021, un informe de la OMS y China descartó todos los casos reportados antes del 8 de diciembre como no COVID-19 y revivió la teoría de que el virus podría haberse originado en el mercado de mariscos de Huanan (OMS 2021).
Estudio de la epidemiología del virus
En otros brotes donde la identificación directa de casos tempranos
ha sido complicado, cada vez es más posible utilizar la epidemiología genómica para inferir el momento y la dinámica de la propagación
a partir del análisis de secuencias virales. Por ejemplo, el análisis de las secuencias de SARS-CoV-2 ha permitido la reconstrucción de la propagación inicial del SARS-CoV-2 en América del Norte y Europa (Bedford et al. 2020; Worobey et al. 2020; Deng et al. 2020; Fauver et al. 2020).
Pero en el caso de Wuhan, la epidemiología genómica ha demostrado ser frustrantemente inconclusa. Algunos de los problemas son simplemente datos limitados: a pesar de que Wuhan tiene laboratorios de virología avanzada, solo hay muestras irregulares de secuencias de SARS-CoV-2 desde los primeros meses del estallido explosivo de la ciudad. Otro que un conjunto de muestras en secuencia múltiple recolectadas a finales de diciembre de 2019 de una docena de pacientes conectados a Huanan Seafood Market (OMS 2021), solo un puñado de secuencias de Wuhan son disponible desde antes de finales de enero de 2020.
Esta escasez de secuencias podría deberse en parte a una orden que los laboratorios chinos no autorizados destruyeron todas las muestras de coronavirus de las primeras etapas del brote, supuestamente razones de “seguridad biológica del laboratorio”.
Descubriendo las secuencias perdidas
Sin embargo, las secuencias de Wuhan que están disponibles también
análisis filogenéticos confusos diseñados para inferir el “progenitor” del SARS-CoV-2, que es la secuencia a partir de la cual todos otras secuencias actualmente conocidas descienden (Kumar et al. 2021).
Aunque existe un debate sobre exactamente cómo el SARS-CoV-2 entró en la población humana, es universalmente aceptado que los antepasados del virus son los coronavirus de murciélago (Lytras et al. 2021). Pero las primeras secuencias conocidas de SARS-CoV-2, que derivan principalmente del mercado de mariscos de Huanan, son notablemente más diferentes de estos coronavirus de murciélago que otros secuencias recopiladas en fechas posteriores fuera de Wuhan.
Resumen
El origen y la propagación temprana del SARS-CoV-2 sigue siendo un misterio. En el trabajo expuesto en este artículo se identificaron un conjunto de datos que contienen secuencias de SARS-CoV-2 de principios de la epidemia de Wuhan que habían sido eliminados del Archivo de Lectura de Secuencias de la agencia NIH.
Se recuperaron los archivos eliminados de Google Cloud y se reconstruyeron secuencias parciales de 13 virus epidémicos tempranos. El análisis filogenético de estas secuencias sugiere que las secuencias del mercado de mariscos de Huanan que son el foco del informe conjunto OMS-China no son completamente representativas de los virus en Wuhan al principio de la epidemia. En cambio, el progenitor de secuencias conocidas del virus SARS-CoV-2 probablemente contenía tres mutaciones en relación con los virus del mercado que lo hacían más similar a los parientes del coronavirus de murciélago del SARS-CoV-2.
Por tanto, aun estamos lejos de saber exactamente cual fue el origen de la pandemia que ha provocado la COVID-19. Sin embargo, cada artículo nuevo nos acerca más a saber donde y cuando surgió.
Referencias
- https://en.wikipedia.org/wiki/Huanan_Seafood_Wholesale_Market
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32015508/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7094943/pdf/41586_2020_Article_2008.pdf
- https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext
- https://www.who.int/medicines/publications/druginformation/issues/WHO_DI_34-3_PL124-SpecialEdition.pdf
- https://montoliu.naukas.com/2020/12/27/la-ciencia-que-hay-detras-de-la-primera-vacuna-contra-la-covid-19/
- https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v1?fbclid=IwAR0CgoclCVNsnPQybYUcWYH1MpVclGilauPHUOEVy3X9khAIRVZJyzeX25s
- https://www.who.int/publications/i/item/who-convened-global-study-of-origins-of-sars-cov-2-china-part
